El proyecto transversal tiene como objetivo apoyar a todos los proyectos del programa y a la UCB como institución, a lograr el  mejoramiento de la calidad de vida de las comunidades rurales y urbanas con las que trabajamos, por medio de la investigación-acción, la facilitación, la capacitación y la difusión de la metodología de Comunidades Transdisciplinarias de Aprendizaje, involucrando a otras Universidades Públicas, ONG’s, gobiernos, y comunidades locales desde un enfoque de Aprendizaje Transdisciplinario y Colaborativo, en las cuatro diferentes regionales de Bolivia.